Se elegirán 3 optativas de las 4 ofertadas. El horario de trabajo previsto se articulará según se especifica en la tabla horaria siguiente, se dividirá en un trimestre (casi 3 meses de duración) y tres bimestres (algo más de 1,5 meses de duración), siendo las vacaciones de Navidad y Semana Santa respetadas para descanso del alumno. Las asignaturas del primer trimestre son de carácter más general que el resto y sirven para que el alumno adquiera los conocimientos y destrezas mínimos necesarios para su futuro trabajo de investigación. Los tres bimestres que se suceden desde el final de Navidades hasta Junio tienen una menor carga lectiva pero una mayor carga investigadora. A finales del primer trimestre se asignarán a los alumnos los temas de investigación para la realización de las correspondientes Tesis de Máster y se asignarán los correspondientes tutores, que no podrán dirigir ni proponer más de dos tesis de Máster en el mismo curso académico. En la asignación se procurará respetar la libre elección de temas por los alumnos, pero se garantizará que todos ellos tengan acceso a un tema de investigación. El objetivo es formar al alumno en aspectos avanzados de la simulación de procesos moleculares y su capacidad investigadora.